生物信息學/R語言在生物信息學的應用

生信分析相關的R包

reshape：長短數據轉換

reshape：http://had.co.nz/reshape/

https://cran.r-project.org/web/packages/reshape2/index.html

ggvis可視化：https://ggvis.rstudio.com/

shiny類

shiny的UI進階設計：https://unleash-shiny.rinterface.com/

shiny和SQL資料庫：https://bookdown.org/msharkey3434/ShinyDB_Book/

R, plotly, shinyR, plotly和shiny：https://plotly-r.com/

相關書籍/資料

數據分析殘卷：https://bookdown.org/yufree/datadown/

bookdown：https://bookdown.org/

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf

RStudio Cheatsheets：https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

R函數在線參考文檔：https://rdrr.io/

• Statistical tools for high-throughput data analysis：http://www.sthda.com/english/

• R語言與統計生物信息學：
  • https://play.google.com/store/books/details/Sunil_K_Mathur_Statistical_Bioinformatics_with_R?id=wbJo7L_8CQQC
  • https://www.elsevier.com/books/statistical-bioinformatics-with-r/mathur/978-0-12-375104-1
• R Bioinformatics Cookbook，使用 R 和 Bioconductor 執行 RNAseq、基因組學、數據可視化和生物信息學分析：https://www.packtpub.com/product/r-bioinformatics-cookbook/9781789950694

免費視頻課程

Bioconductor

• Bioconductor課程：http://www.bioconductor.org/help/course-materials/
• 史丹福的Bioconductor課程：https://web.stanford.edu/class/bios221/about.html
• Biostars的R專題：https://www.biostars.org/t/R/

• R編程：https://www.youtube.com/c/RProgrammingDDS
• 【生信技能樹】生信人應該這樣學R語言：https://www.bilibili.com/video/av25643438
• 【生信技能樹】公共資料庫挖掘實例（基於R語言）：https://www.bilibili.com/video/av37568990
• R語言入門生信應用基礎課程：https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1209044861
• R語言入門數據分析：https://ke.qq.com/course/366588
• 生物信息學入門基礎講座的R部分：https://ke.qq.com/course/270841
• PlottinginRforBiologists：https://marianattestad.com/blog

在線資料

• 生信菜鳥團R主題：http://www.bio-info-trainee.com/tag/r
• Biocondctor中文：http://www.biotrainee.com/forum-148-1.html
• R 的shiny交互網頁：http://www.biotrainee.com/forum-149-1.html
• 生信技能樹論壇：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=39&filter=typeid&typeid=22