生物信息学

初级编辑

一、组学与生物信息分析相关基础知识编辑

1.生物信息学简介(上)——概述

2.生物信息学简介(下)——基本技能

3.基因组学相关基础知识

4.测序技术的发展历程、技术原理、测序策略与基本流程

5.测序数据的格式及质量评估

二、生物信息分析基本技能编辑

1.初始Linux

2.Perl语言及其生物信息应用

3.R语言及其生物信息应用

4.生物统计学基础

三、生物信息分析方法与流程及常用软件与数据库编辑

1.生物信息常用核酸序列数据库介绍

2.测序数据的预处理原理、方法及流程

3.生物序列比对

4.生物信息分析流程的结构与功能概述

5.基因组denovo组装分析流程

6.基因组注释分析流程

中级:生物信息分析工程师编辑

一、生物学相关知识编辑

    • 1.分子进化理论
    • 2.生物信息学简介

二、信息学基础、生物信息分析常用基本技能编辑

    • 1.生物信息学基本技能概述
    • 2.linux操作与集群计算基础
    • 3.Perl语言及其生物信息应用
    • 4.R语言及其生物信息应用

三、生物信息分析软件的使用方法和基础参数设置编辑

    • 1.生物信息分析流程的结构与功能概述
    • 2.基因组denovo组装分析流程
    • 3.基因组注释分析流程
    • 4.转录组表现组的差异表达分析流程

四、生物信息分析常用数据库结构及功能应用编辑

    • 1.核酸、蛋白数据库介绍与blast搜索
    • 2.常用专业功能数据库使用方法:GO、COG、UniProt、KEGG、PubMed、OMIM
    • 3.序列比对及典型软件的使用方法:bwa、muscle、MUMmer
    • 4.基因组组装常用软件使用方法:SOAPdenovo、Canu等
    • 5.转录组组装常用软件使用方法:Trinity、Cufflinks、Tophat
    • 6.差异表达分析软件使用方法
    • 7.基因组注释常用软件使用方法:重复序列、基因结构与功能、ncRNA、细胞器基因组注释
    • 8.重测序变异检测与注释分析常用软件使用方法
    • 9.高通量数据可视化常用软件使用方法
    • 10.分子进化分析常用软件使用方法

高级:生物信息分析专家(专题)编辑

一、基础进阶课程编辑

  • 1.Python语言
  • 2.Perl进阶
  • 3.R语言进阶
  • 4.高等统计学及生物信息学应用

二、动植物方向编辑

  • 1.动植物基因组学研究概论
  • 2.动植物基因组denovo组装
  • 3.动植物基因组注释
  • 4.动植物基因组比较基因组和进化分析
  • 5.动植物基因组重测序分析
  • 6.动植物基因组研究技术-RNA水平
  • .7基于高通量测序技术的动(植)物基因组研究应用
  • 8.动(植)物基因组研究技术-表观遗传学水平

三、微生物方向编辑

  • 1.微生物基因组研究
  • 2.环境多样性研究
  • 3.宏基因组分析
  • 4.微生物经典案例分享

四、癌症方向编辑

  • 1.肿瘤基因组研究概论
  • 2.肿瘤基因组分析一:体细胞突变的寻找和归类
  • 3.肿瘤基因组分析二:转录组分析
  • 4.肿瘤基因组分析三:甲基化分析
  • 5.肿瘤的单细胞研究

五、复杂疾病方向编辑

  • 1.基于二代测序的复杂疾病分析
  • 2.外显子和目标区域测序
  • 3.GWAS基础知识介绍及案例分析
  • 4. de novo mutation的检测与分析