生物信息學/Monocle
< 生物信息学
Monocle：scRNASeq分析工具
編輯單細胞轉錄組測序 (sc-RNA-seq) 實驗使我們能夠發現新的細胞類型並幫助我們了解它們在發育過程中是如何產生的。 Monocle 3 軟體包提供了一個用於分析單細胞基因表達實驗的工具包。
Monocle 3 可以幫助您執行三種主要類型的分析：
- 聚類、分類和計數細胞。 單細胞 RNA-Seq 實驗可讓您發現新的（可能是罕見的）細胞亞型。 Monocle 3 可幫助您識別它們。
- 構建單細胞軌跡。 在發育、疾病和整個生命過程中，細胞從一種狀態過渡到另一種狀態。 Monocle 3 可幫助您發現這些轉變。
- 差異表達分析。 表徵新的細胞類型和狀態始於與其他更好理解的細胞的比較。 Monocle 3 包含一個複雜但易於使用的差異表達系統。
Monocle的相關連結
編輯Monocle的安裝
編輯if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats',
'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment',
'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'Matrix.utils'))
install.packages("devtools")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')