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生物信息学/Monocle

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Monocle：scRNASeq分析工具

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单细胞转录组测序 (sc-RNA-seq) 实验使我们能够发现新的细胞类型并帮助我们了解它们在发育过程中是如何产生的。 Monocle 3 软件包提供了一个用于分析单细胞基因表达实验的工具包。

Monocle 3 可以帮助您执行三种主要类型的分析：

  • 聚类、分类和计数细胞。 单细胞 RNA-Seq 实验可让您发现新的（可能是罕见的）细胞亚型。 Monocle 3 可帮助您识别它们。
  • 构建单细胞轨迹。 在发育、疾病和整个生命过程中，细胞从一种状态过渡到另一种状态。 Monocle 3 可帮助您发现这些转变。
  • 差异表达分析。 表征新的细胞类型和状态始于与其他更好理解的细胞的比较。 Monocle 3 包含一个复杂但易于使用的差异表达系统。

Monocle的相关链接

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Monocle官方教程

Monocle参考文献

Monocle引用

Monocle的安装

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if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats',
                       'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment',
                       'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'Matrix.utils'))
install.packages("devtools")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

Monocle的功能

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