生物信息學/單細胞轉錄組下游分析

單細胞轉錄組測序分析(單細胞轉錄組下游分析) 編輯

  • Seurat:預處理,差異分析,降維分析,聚類,空間轉錄組,可視化,進化樹
  • Monocle:細胞聚類分類和計數,單細胞發育軌跡,差異分析
  • scanpy:聚類,可視化,發育軌跡,空間轉錄組數據
  • SCENIC:Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering
  • CellPhoneDB:scRNASeq細胞通信分析工具
  • inferCNV:scRNASeq中分析CNV
  • scater:scRNASeq分析(可視化表達,降維)
  • STutility:空間scRNASeq分析(標準化,空間特徵,3D可視化)
  • trendsceek:在單細胞基因表達數據中識別具有空間表達趨勢的基因
  • SPATA:空間轉錄組分析架構(可視化,空間發育軌跡,分類,差異分析)
  • scRepertoire:用於單細胞免疫受體分析的工具包
  • scDblFinder:操作多個scRNASeq數據
  • DropletUtils:操作scRNASeq Droplet數據
  • celldex:細胞類型分析(免疫)
  • SC3:scRNASeq分析工具,聚類,差異分析,maker基因
  • scran:使用 Bioconductor 對單細胞 RNA-seq 數據進行低水平分析的分步工作流程
  • TSCAN:scRNASeq發育軌跡分析,TSCAN在線工具
  • M3Drop:單細胞 RNASeq 中丟失的 Michaelis-Menten 建模
  • slingshot:scRNASeq發育軌跡分析和差異分析